MSC和ips细胞的区别在于，MSC具备免疫调节功能。如果移植了由自身之外的人体ips细胞制作而成的脏器的话，会出现排斥反应。另一方面，MSC拥有免疫调节能力，因此即使进行移植也不会出现排斥反应。

MSC（间叶系干细胞）治疗已经开始了临床应用

引自厚生劳动省主页“中央社会保险医疗协议会 总会（第313届）议事决定”

与还在研究中的ips细胞治疗相比，使用间叶系干细胞的治疗已经实用化，因此基于这一点来说使用间叶系干细胞的治疗领先一步。实际上，异体骨髓间充质干细胞药物Temcell，用于治疗骨髓移植后的移植片抗宿主病，也被纳入日本医保范围之内。最近的实例就是于2018年12月使用源自骨髓的间叶系干细胞（Stomick注）治疗脊髓损伤已经开始了临床使用，具体来说就是采集患者自体骨髓液中的间叶系干细胞进行培养，再回输到体内，促进脊髓神经再生。